では、そのようにして集められた著作権使用料はどのようにして使われていくのか。その不透明さもしばしば問題とされる。JASRACに文科省の天下り人員が多くいるのはよく知られているが、それ故か、過去には「カネ」にまつわる大きなスキャンダルも起こしている。

　一つ目は1964年に著作権使用料から1億円の裏金を用意し、役員への裏給与や文部官僚への接待費などにあてていた事件、そしてもう一つは1994年に発覚した古賀政男音楽文化振興財団に対する巨額融資問題だ。この90年代の事件では、JASRACから無利子で借りた数十億円を元手に古賀財団が自社ビルを建て、そこにJASRACが入居して家賃収入を払うという契約が結ばれ問題となった。このときの古賀財団側の理事には文科省（当時文部省）の官僚がいたとされている。

　こういった状況には当の著作権者のなかにも不満を募らせる者が多くおり、たとえば、松山千春は「週刊プレイボーイ」（集英社）1998年5月19日号のなかでこのように語っている。

「日本音楽界の不幸は、欧米には著作権管理団体が2つも3つもあるのに、日本にはJASRACひとつきりってことだよ。いくつもあればアーティストのほうも著作権の委託先を選べるだろ？　こっちのほうがしっかりしているとか、パーセンテージが高いとかって」

　日本国内で著作権管理を行うことのできる法人が長らくJASRACしかなかったのは、国が音楽分野における著作権仲介業務をJASRAC以外に許可しなかったからであるが、01年に参入規制を緩和した著作権等管理事業法が成立したことで、他の民間の会社も著作権管理事業に参加することができるようになった。

　同業他社の参入により競争原理が働くことで、手数料の引き下げや、新たなビジネスの創出が期待されたのだが、結果として起こったのは、競争ではなく、JASRACによる既得権益を守り続けるための妨害工作だった。

　妨害工作はいかにして行われたのか？　それは「包括契約」という業界の慣例を悪用したものだった。

「包括契約」とは、「どの曲が何回放送されたか」などを1曲ずつ正確にカウントして楽曲使用料を算出する方法をとらず、放送局がJASRACに月単位、または年単位で一括して払うことにより「JASRACに登録されている曲はすべて使用可能」という許諾をとる方式である。つまり、JASRACがこの契約システムを変えないかぎり、放送局はJASRAC以外の著作権管理会社に登録されている楽曲を使用するごとに追加の使用料が発生することになる。

　そこで当然起きるのは、JASRAC以外が管理している曲は面倒だから放送しないという動きである。なぜなら、JASRACは市場の90%以上を独占しており、JASRACに登録されていない曲を締め出したところで、放送局側は特に不便はないからだ。