その後、『あまちゃん』終了後にはまともに仕事をもらえず生殺し状態に。レプロは能年自身も出演を熱望していた映画『進撃の巨人』からのオファーを勝手に蹴るなどして彼女を干し上げていた。同じ「あまちゃん」ブレイク組の有村架純が『ストロボ・エッジ』や『ビリギャル』など次々と話題作に出る一方、『あまちゃん』後に能年が出演したのは『ホットロード』『海月姫』の映画2本と『世にも奇妙な物語』（フジテレビ）のオムニバスドラマ1本のみである。

　さらにレプロ側は、「週刊ポスト」（小学館）や「週刊女性」（主婦と生活社）をはじめとしたメディアを使いネガティブキャンペーンを展開。「彼女が演出家・演技トレーナーの滝沢充子氏に洗脳されており、マネージャーに罵詈雑言を浴びせるなど態度が変化。コントロールが利かなくなっている」などと報じさせた。この「洗脳報道」について前掲の対談のなかで彼女はこのように話している。

阿川「昨年の春ごろから、その滝沢先生に「能年さんが洗脳されている」という報道が出たでしょ、それらを目にしてどう思われました？」
能年「びっくりしました。「洗脳って!?」って感じです」
阿川「じゃあ、全く事実に反することなんですか？」
能年「はい。滝沢先生には、悩んでどうしたらいいのか分からない時に相談に乗っていただきました。しかも、「こうするべき」とか言うんじゃなくて、「こんな選択肢もあんな選択肢もあるけど、れなはどうしたいの？」ってお話をしてくださる方なんです。洗脳報道が出て以来、先生も精神的に参っていて……」

　前述の通り、6月をもって彼女はレプロとの契約を終了し、個人事務所から再スタートを切るのだが、レプロ＝バーニングプロダクションという芸能界の絶対的権力からの嫌がらせはありとあらゆるところに現れる。『あまちゃん』脚本家・宮藤官九郎は「週刊文春」16年7月7日掲載の連載コラムでこんな苦言を呈していた。

〈そう言えばトーク番組で『あまちゃん』の話題になり懐かしい映像が流れたのですが、映像使用の許諾が取れなかったのか、アキ（能年玲奈さん）がワンカットも映ってなかった。代わりに前髪クネ男（勝地涼くん）がガッツリ映ってて笑った。あまちゃんは能年さんの主演作ですよ、念のため〉

　資料映像ですら顔を出させることを許さない徹底した締め出し。能年玲奈は本名であるのにも関わらず、今回彼女が「のん」と改名するのも、鈴木あみが鈴木亜美に、松本恵が松本莉緒に改名したのと同様、事務所による圧力を回避するためのものであるのは自明だ。