小渕優子・元経産相の事件が秘書の立件だけで終わったのも、日歯連事件がしりすぼみとなったのも、この黒川氏の暗躍の結果だと言われているが、なかでも象徴的だったのが、2016年1月に発覚した、建設会社の依頼で都市再生機構（UR）へ移転補償金の値上げを“口利き”した見返りに賄賂を受け取っていた甘利明・元経済再生担当相の口利きワイロ事件を潰した件だ。

　甘利事件では、特捜部が国会議員秘書初のあっせん利得法違反を立件すると意気込んで捜査をおこない、同年4月の段階では、東京地検内部でも立件することでコンセンサスがとれていた。だが、当時、法務省官房長だった黒川氏はこれを「権限に基づく影響力の行使がない」という理屈で突っ返し、現場が今度はあっせん収賄罪に切り替えて捜査しようとしたが、これも「あっせん利得法違反で告発されているんだから、勝手に容疑を変えるのは恣意的と映る」などと拒否。さらには秘書の立件すら潰してしまった。実際、甘利氏の不起訴の方針が決まった後、現場の検事の間では「黒川にやられた」という台詞が飛び交ったという。

　黒川氏はこの甘利事件を潰した論功行賞として、2016年9月に法務省事務方トップの事務次官に就任。以前から検察内部では「黒川がいるかぎり政界捜査はできない」という声が広がっていたが、この人事によってそれは決定的なものとなった。

　森友問題が勃発したあと、永田町では、黒川事務次官と官邸をめぐるある噂が駆け巡った。それは「黒川次官と菅官房長官の間で、法務省の悲願だった共謀罪の成立とバーターで、安倍首相、昭恵夫人の疑惑に蓋をして、籠池理事長の口封じ逮捕をおこなうという密約が交わされた」というものだった。

　前出の大阪地検担当記者も、森友問題での黒川事務次官の動きについてこう指摘する。

「共謀罪とのバーターについてはよくわかりませんが、この時期、黒川氏が官邸の意向を受けて、森友捜査をコントロールしようと、大阪地検にプレッシャーをかけていたのは間違いありません。地検幹部が毎日のように本省から連絡が入ってくる、とぼやいていましたから」