なかでも2013年11月に特定秘密保護法案に反対する集会で呼びかけ人のひとりとなり、番組でも同法案を批判的に取り上げた。父・晋太郎との関係も深い「保守派」の人物だと認識していた安倍官邸は、この岸井氏の姿勢に激怒していたともいわれている。2014年12月には、安倍首相が『NEWS23』に生出演した際、街頭インタビューのVTRに「厳しい意見を意図的に選んでいる」と難癖をつけ、その後、自民党が在京テレビキー局に「報道圧力」文書を送りつけるという問題も起きた。
こうしたなかで、岸井氏にはこんな出来事があった。岸井氏は企業の幹部に話をするという勉強会を長くつづけていたのだが、その場に菅義偉官房長官が突然、やってきたというのだ。
「(菅官房長官は)黙って来た。誰かから聞いて知ったんだろう。最初から最後までいたよ。終わると「今日はいい話を聞かせていただいて、ありがとうございました」と言って帰っていった。怖いよな」
「「どこで何を話しているか、全部知っていますよ」ということを見せているわけだ。「人脈も把握しています。岸井さんが動いているところにはいつでも入っていけますよ」というメッセージかもしれない」(前出『偽りの保守・安倍晋三の正体』より)
報道番組のアンカーに、陰に陽にプレッシャーをかける。しかし、だからといって岸井氏の舌鋒は鈍らなかった。それどころか、安保法制では問題点をあぶり出し、2015年9月にはアーミテージ国務副長官のインタビューに成功。アーミテージはこのとき、安保法制は“自衛隊が米軍のために命を賭けると初めて約束”するものだとし、“アメリカ軍のために役立ってほしい”と述べた。つまり、安倍政権による「日本の安全のため」「歯止めがかかっている」という説明が嘘であることを番組はあきらかにしたのだ。
当然、この放送内容に官邸は過剰に反応した。岸井氏も「官邸の中の情報だと、彼らがいちばん怖じ気をふるった」のは、アーミテージのインタビューだったと語っている。
その上、岸井氏は、安保法制が参院特別委員会で強行採決される前日の9月16日放送で、「安保法案は憲法違反であり、メディアとしても廃案に向けて声をずっと上げつづけるべきだ」と力強く主張した。
もちろん、官邸はこうした態度を変えない岸井氏に怒り心頭。政治部を通じて「岸井をなんとかしろ」という声をTBS幹部に再三届けてきたといわれている。
そして、岸井氏の番組降板の引き金となった事件が2015年11月に起こる。