ところが、中国電力は計画を変更しようとはせず、県知事や政治家、さらには神社本庁に働きかけ、林宮司に売却を認めさせるよう圧力をかけ始める。
　
　だが、林宮司は頑として首をたてにふらなかった。林宮司は当時、「現代農業」（農山漁村文化協会）2002年5月増刊号に「人間・自然破壊の原発に神の地は売らず　神社、鎮守の森の永遠は村落の永続」と題して、こんな手記を発表している。

「原発立地の焦点となっている神社地は、そもそも四代地区の祖先の人びとの辛苦によって、神社永続のための基本財産として確保されたのである。神社地が、地域の人びとによって八幡山と愛称されてきたゆえんであろう。そもそも、このような歴史的由来をもつ神社地を現代に生きる者たちの短絡的な経済的利益によって売却できるはずがない」
「鎮守の森や神社地なるものは、その根本の理念にかんがみても、現代に生きる者たちのために存在するのでなく、遠い先祖より受け継ぎ、未来の子々孫々に伝えゆくべきものなのである」

　まさに、古よりの信仰を守る神職としては正当な姿勢である。ところが、驚いたことに、八幡神社を統括する山口県神社庁、そしてその上部団体である神社本庁はまったく逆で、土地売却に向け動き始めたのだ。その理念からいえば、林宮司をバックアップすべき神道団体が、中国電力や当時の自民党政権と裏で手を組み、反対する林宮司を追放すべく、さまざまな圧力、嫌がらせを始めたのである。林宮司は同手記でこう証言している。

「一年一度の大祭である秋祭りに、副庁長（山口県神社庁）の立場にある神職が、羽織・袴といった大仰ないでたちで、予告もなしに祭りの始まる直前に乗り込んできて祭祀を妨害するという異常事態まで出来しているのである。これは、神社二千年の歴史に未曾有のことであろう。神社土地売却に同意しないために、神社本庁（東京都渋谷区代々木）の代表役員らによって、当職の解任があらゆる手段を用いて画策されているが、副庁長による、このような秋祭りの妨害もその一環である」

　そして、嫌がらせと圧力を続ける神社本庁にこう警告を発した。

「法律上の最高権限をもつ神社庁の代表役員が神社地の売却の承認をすることにでもなれば、それは自らが制定した法規を自分の手で破壊することであり、神社本庁自体の瓦解を意味しよう」

　しかし、神社本庁はそれでも神社地を売却しようと強行手段に出る。林宮司に対して「解任辞令」を出し、代わりに原発容認派の宮司を就任させたのである。そして、この新しい宮司が財産処分承認申請書を提出すると、04年8月20日、神社本庁は「山口県上関町・八幡宮所有地の上関原発建設用地への財産処分承認申請書に対する承認の可否」という文書を発表し、「結論　本件は、万已を得ない事情があると判断し、承認とする。」とした。

　この発表文書には、「尚、本件の承認は、他の神社の財産処分にかかる全ての案件に影響を及ぼすものではなく、あくまでも個別に判断したことを茲に申し添へる」という付言があり、いかにこの決定が特例だったかがうかがえる。この決定に際し、自民党政権からの働きかけがあったのは確実で、山口県を地元とし、神社本庁に深くコミットする安倍首相もキーマンのひとりではないかといわれている。