森友の決裁文書などの公文書改ざんがはじまったのは2017年2月からのことで、太田氏が理財局長に就任した同年7月以前の問題だが、森友問題への追及が国会ではじまって約2週間後の同年2月22日に菅義偉官房長官が佐川宣寿理財局長（当時）らを官邸に呼び出して森友問題の説明をおこなわせた際には、当時、総括審議官だった太田氏も同席していたことがわかっている。つまり、太田氏が公文書改ざんの事実を知っていた可能性は、かなり高い。

　しかも、共産党が独自入手した、2017年9月7日におこなわれた太田充理財局長と国交省の蝦名邦晴航空局長（当時）らの話し合いを記録した文書では、太田氏は会計検査院の報告書への介入まで口にしていた。

　たとえば、問題の文書では、太田氏はこう語っていたことが記録されている。

「総額を消すことが重要だが、それが難しい場合には、失点を最小限にすることも考えなくてはいけない。少なくともトン数は消せないのではないか。金額よりもトン数のほうがマシ」

　この「総額」「トン数」とは、国有地から出てきたゴミのことを指していると思われる。つまり太田氏は、会計検査院の報告書から「総額を消してもらおう」「総額が難しければ、トン数だけは残して金額だけでも消してもらおう」と話し合っていたのである。会計検査院は内閣から独立した機関と憲法で定められているが、その会計検査院の検査に対して、介入を相談する──これはすぐさまクビが飛んでも当然といえるほどの、とんでもない事実だ。

　その上、太田氏はこんなことまで語っている。

「両局長が官邸をまわっている姿をマスコミに見られるのはよくない。まずは寺岡を通じて、官房長官への対応をするのが基本だ」
「ないものは出せないが、これまでもある程度出してきており、個人的には出せるものはできるだけ出したほうがいいと思う。出てしまうと、案外追及されなくなるという面もある。ただし、政権との関係で、デメリットも考えながら対応する必要はある」

「寺岡」というのは寺岡光博・官房長官秘書官（当時）のことを指していると思われるが、ようするに官邸、菅義偉官房長官ぐるみで、「政権へのデメリット」を計算した上で会計検査院の報告や国会対応をどうごまかすか、文書隠蔽の相談をおこなっていたのだ。

　森友学園への国有地8億円値引き問題が発覚して以降、安倍首相は「会計検査院の調査を待ちたい」「会計検査院の調査中」と、会計検査院の検査を口実にして一切の説明責任から逃げつづけていた。それが実態は、会計検査院に改ざん文書を提出しただけでなく、報告書の内容について裏工作までしていた──。ようするに、太田氏は会計検査院の報告を「官邸のお手盛り」に仕上げた立役者だったのである。