AMEDには通常の予算とは別に、内閣府に計上される科学技術イノベーション創造推進費のうち175億円（2019年度見込み）が医療分野の研究開発関連の「調整費」として充当される。

　この「調整費」はAMED理事長がプログラムディレクターらの意見を勘案して現場の状況・ニーズに対応する「理事長裁量型経費」と、健康・医療戦略推進本部による機動的な予算配分をおこなう「トップダウン型経費」の2つに分かれている。この「トップダウン型経費」は〈感染症の流行等の突発事由により、可及的速やかに研究開発に着手する必要が生じた場合〉や〈ある領域において画期的な成果が発見されたこと等により、当該領域へ研究開発費を充当することが医療分野の研究開発の促進に大きな効果が見込まれる場合〉（「医療分野の研究開発関連の調整費に関する配分方針」より）に配分されるものなのだが、2019年度まで執行されたことはなかった。

　ところが、昨年11月にはじめて「トップダウン型経費」に88億4000万円が配分されたのだ。新型コロナウイルスなどの緊急的な感染症研究に使われたわけではない（時期的にも新型コロナウイルスが問題になる前だから当たり前だが）。約90%にあたる約80億円が厚労省の「全ゲノム解析実行計画」に使われることが、大坪氏の独断で決まったのだという。「全ゲノム解析実行計画」というのは、厚労省ががんと難病の患者を対象に、すべての遺伝情報（ゲノム）を網羅的に調べ、創薬などに活かそうというもの。医療産業に国際競争力をつけるという意味では重要だが、感染症対応のような緊急性や画期的な成果の発見があるわけではなく、「トップダウン型経費」の趣旨とはまったく違う。

　にもかかわらず、こんな不可解な予算のつぎ込み方がされたのは、ほかでもない、この「全ゲノム解析実行計画」の厚労省での取りまとめ役が大坪氏だったからだ。つまり、大坪氏は自分の省庁での担当のプロジェクトに金を優先的につぎ込むため、本来の使途を歪めるかたちで予算を充当しようとしていた。末松理事長はそのことを告発しようとしたのである。

　実際、末松理事長は前述したように、いったん、田辺会長にさえぎられながらも再び挙手して、こうつづけた。

「先ほどちょっと申し上げた80数億のお金、多くはゲノム関連の調整費として使われますけれども（中略）現時点までは我々はディスカッションには一切参加しておりません。これはトップダウンですので、そのような仕組みになっています。このような仕組みはルールの範囲内ではあるけれども、AMEDから見ても極めて不透明な決定プロセスで中身が決まっております」

　そして、末松理事長は、大坪氏のトップダウン型調整費の運用について、「利益相反になっている」と批判した。

「健康・医療戦略室の意思決定、トップダウン型の意思決定のプロセスというのは、明確に申し上げますと、大坪次長、現在は非常勤のAMED担当室長ということですけれども、かつ厚労大臣の審議官をやられております。そのような状況下で、研究者コミュニティーから見ると、研究費を応募した側と審査した側が同じになっているわけです。利益相反状態です。この利益相反状態で恣意的な省益誘導が行われたというふうに言われても反論のしようがないと思います」

　山中伸弥氏に対して大坪氏は「iPS細胞への補助金なんて、私の一存でどうにでもなる」と言い放ったとされているが、大坪氏は自身の “特権的地位”を利用し、自分がかかわる事業に予算を配分した。そう考えないわけにはいかないだろう。しかも、そこには“昵懇の関係”である和泉首相補佐官の存在が大きく影響しているのは間違いない。

　　しかも、この「ゲノム解析実行計画」への不自然な予算投入の裏にはもっと深い疑惑があるとの見方もある。