明言はしていないが、もしSTAP細胞が捏造とするならば、それは若山氏がやったとしか考えられないと言っているのだ。

　小保方氏はそれを裏付けるような若山氏の乱暴なやり口も次々と暴露している。まだ未申請のヒト細胞を使った実験に関して、「行ったのはその承認後だったということにすればいいのです」とメールで指示してきたことや、若山研究室ではデータの扱いが非常に恣意的だったと指摘する。

〈若山研では、胚操作によって作製されたマウスを使った重要なデータを補佐するためのデータは「飾りのデータ」と呼ばれ、まず結論へのストーリーに合う仮のデータを「仮置き」の形で図表として用いて論文執筆を行う方法がとられていた。（中略）ストーリーに合わない、つじつまの合わない実験結果は、「このままでは使えないのでやり直すか、データとして使用しないように」と指導を受けた〉

　また、スフェア細胞からのキメラが胎児だけではなく胎盤も形成していることが発見された時についても、疑惑の目を向けている。胎盤の形成はES細胞などでは起こりえない現象で、事実なら大発見だが、若山氏は小保方氏に〈スフェアからのキメラマウスの胎盤だというもの〉を渡し、「組織学的に解析してほしい」と依頼をしてきたという。ところが、若山氏はその解析結果を待たず、2012年4月頃にはTS細胞と呼ばれる、胎盤を形成する能力のある幹細胞株を樹立する培地でスフェアを培養する実験を開始。後に「FI幹細胞」と名付けられる幹細胞株を樹立した。

　この間、小保方氏は〈若山先生が作製したキメラマウスなど論文の主題となる実験結果の補佐となる細胞の遺伝子解析などを任されていたが、解析に用いる幹細胞は培養を担当していた若山先生から受け取り実験を行うようになっていった〉〈実験に使用するマウスは若山先生から渡され、私が作製したスフェアは、若山先生が計画した他の研究員が進める実験にほぼすべて使用され、自身で解析などを進めることができない時期が続いた〉と、ほとんど蚊帳の外だったという。

　ところが、論文にデータの改ざんなどが発覚し、疑問が向けられ始めると、あんなに積極的だった若山氏の姿勢は一変する。若山氏はNHKの取材に「論文を撤回したほうがいい」と回答。さらに、キメラマウスづくりに使ったSTAP細胞が、自分が小保方氏に渡したマウスと同一のものであるか、に疑念があると考え、自分の手元に残っていたSTAP幹細胞を第三者機関に解析に出したのである。

　若山氏がそのような態度をとったことに対して、同じ論文の著者の丹羽仁史氏は小保方氏に「ハシゴを外されたんや」と述べたという。

　そして、14年3月25日、小保方氏に渡したマウスと若山氏が解析したSTAP幹細胞のマウスの系統が違うとの報道が出た。解析結果が出た6月には、若山氏が会見を開き、正式に「STAP幹細胞を第三者機関によって解析した結果、若山研にはけっして存在しなかったマウスの細胞からできていた」と発表。小保方氏がES 細胞を混入させたという見方が広がっていく。