第二次安倍政権下の約7年8カ月のあいだに支出された官房機密費は95億4200万円超にものぼるが、そのうち約91％を占める86億8000万円が、領収書不要で官房長官の裁量で自由に使える「政策推進費」だった。
この90億円もの「政策推進費」をめぐっては、「自民党の選挙資金として使われている」との証言が絶えず、たとえば、菅義偉官房長官が陣頭指揮を執り、すさまじい物量作戦が展開された沖縄県知事や市長選でも巨額の官房機密費が投入されたという疑惑が囁かれてきた。
さらに、2019年の参院選における河井案里・克行夫妻による大規模買収事件の資金としても、官房機密費が使われたのではないかという指摘がある。
河井夫妻の選挙買収事件をめぐっては、今年9月、中国新聞が2020年1月に検察当局が河井元法相の自宅を家宅捜索した際に発見されたメモの存在をスクープ。そのメモには、自民党本部から振り込まれた計1億5000万円を指す記述の下に、「＋現金6700」「総理2800 すがっち500 幹事長3300 甘利100」と手書きで記されていたという。つまり、河井陣営に対しては自民党本部からの支出のほかに、安倍首相や菅官房長官、二階俊博幹事長らといった政権幹部から「現金」で計6700万円が提供され、選挙買収の資金に充てられたのではないかと見られるのだ。
そして、これらの金の原資が、使途の明細を明かす必要がない官房機密費だった可能性は高い。
実際、河井元法相は地元議員に現金を渡した際、領収書の受け取りを拒否していたことがわかっているが、これについて中国新聞では関係者による「別会計がなければ買収はできない。裏金ではないか」というコメントを紹介した上で〈克行被告は菅義偉官房長官と近く、官房長官の判断で支出できる「官房機密費」を疑う声さえ上がる〉（中国新聞2020年7月9日付）と指摘。さらに自民党内でも「党の資金以外にも官房機密費が使われている可能性もある」という声があがっていた（時事通信2020年6月19日付）。
だが、官房機密費が流れているのではないかと疑われてきたのは、選挙資金への支出だけではない。それはメディアに登場する御用評論家や安倍応援団ジャーナリストなどへの支出だ。
この「政治評論家やジャーナリストへの支出」は、以前から選挙資金への支出と同様に官房機密費についてまわってきた疑惑だ。
たとえば、2000年には写真週刊誌の「FOCUS」（新潮社／休刊）が「極秘メモ流出！内閣官房機密費をもらった政治評論家の名前」と題し、田原総一朗や竹村健一、三宅久之、俵孝太郎ら政治評論家に官房機密費から数百万円の金が渡っていると報道。これはあくまで「極秘メモ」でしかなかったが、そうした政治評論家への金の流れについても、官房長官経験者が口を開いたことがある。小渕内閣で官房長官を務めた故・野中広務氏だ。
野中氏は2010年にテレビ番組や講演で官房機密費について証言をおこない、「（政治）評論をしておられる方々に、盆暮れにお届けするというのが（引き継ぎ帳に）額までみんな書いてありました」と言及。「政治家から評論家になった人が、『家を新築したから3000万円、祝いをくれ』と小渕（恵三）総理に電話してきたこともあった」「持って行って断られたのは、田原総一朗さん1人」と語り、金を受け取った政治評論家に対してこう述べた。
「あんだけテレビで正義の先頭を切るようなことを言っている人が、こんなのを平気で受け取るのかなと思いましたね」
野中氏は官房機密費が投入されたと取り沙汰された1998年の沖縄県知事選時の官房長官であり（本人は否定）、しかも政治評論家に金を配った立場であって、あれこれ言えたものでもないと思うが、少なくとも、ここまでオープンに語るほど、政治評論家を官房機密費で懐柔することは永田町の“公然の秘密”だという何よりの証拠だろう。
そして、この評論家の抱え込み工作のために公金を使うという伝統的な官房機密費の使途は、第二次安倍政権下、さらに露骨になっていった可能性が高い。事実、第二次安倍政権では、メディア、ジャーナリスト、評論家が雪崩を打ったように御用化し、安倍応援団に組み込まれていったが、そのマスコミ工作の中心人物は、官房機密費の裁量権を握る菅官房長官だった。
また、2015年には、小川榮太郎氏やすぎやまこういち氏、ケント・ギルバート氏らといった安倍応援団によって設立された「放送法遵守を求める視聴者の会」が、産経新聞と読売新聞に相次いで全面の意見広告を掲載。その内容は、放送法を曲解し、『NEWS23』とキャスターの岸井成格氏を攻撃するものだったが、全面広告の出稿には数千万円の費用がかかる。そのため、あるジャーナリストが「官房機密費から出ているのではないかとピンときた」（しんぶん赤旗2015年12月21日付）と語るなど、官房機密費が資金源になっているのではないかという憶測が飛び交った。