藤原氏が今治市を訪れて大学用地も視察した2015年8月6日と、広島県知事と面会した時に藤原氏も同席した16年1月8日であるが、当時の藤原氏の慎重な姿勢は、今治市議会に16年2月に提出された資料に明記されていた。市関係者との面会内容として次のように報告されていたのだ。

「（藤原氏より）新設大学への財政支援による今後の財政悪化や人口減少により学生が本当に集まるのか危惧されていた」

　構造改革特区申請を14回も出し続けたものの獣医学部新設が実現しなかった今治市関係者にしてみれば、16年2月の段階では、内閣府の消極姿勢を告げられて実現可能性に自信が持てなかったに違いない。しかし同年秋になると、一転して菅市長は総理主導発言を口にし始めた。「総理が全部やってくれていること」「安倍総理の強いリーダーシップをもってやるから安心して欲しい」といった楽観的見通しを語ることで、地元に横たわっていた悲観論的見通しを払拭しようとしたに違いない。安倍総理主導（直接指示）によって、獣医学部新設の実現可能性が一気に高まったとしか考えられないのだ。黒川氏はこう続けた。

「朝日新聞が『総理のご意向』という文書をスクープした17日から約2週間、菅市長はぶら下がりで少しコメントした程度で、ほとんど逃げ回っていましたが、市議会で国家戦略特区特別委員会が開かれた30日に直撃されて、ようやく発言をしました」

　実際、前川前事務次官が会見をした後、市役所の秘書課に聞いても「市長の会見を開く予定はない」と言っていた。5月25日に菅市長が海運関連の展示会「バリシップ2017」の歓迎会で挨拶、関係者との談笑を一通り終えた時に直撃、「加計学園疑惑についてどう思うか」と聞いたが、一言も発することなく、すぐに秘書課職員が間に入り、主催者から退出を命じられた。「昨年秋の総理主導発言については語りたくない」という菅市長の本音が透けてみえるのだ。

　しかし市長の発言だけでなく、市が作成した文書にも「総理・内閣主導」と記載記されていた。今治市長発言や作成文書が前川前事務次官の会見内容と一致したことで、安倍首相の犯罪的行為の疑いがさらに深まった。それは「国家戦略会議のトップ（座長）の安倍首相が天の声を発し、加計学園が選ばれるような条件を加えることで競合相手の京都産業大学を排除した」という官製談合の様相も呈してきた。「安倍首相は官製談合の仕切り屋ではないか」という疑惑だ。