言うまでもなく、旭日旗は、戦前・戦中に帝国陸軍の「軍旗」（連隊旗）および帝国海軍の「軍艦旗」として用いられた。それぞれ形が微妙に異なるのだが、たとえば陸軍での扱いは、単なる連隊の標識にとどまらず「旭日旗＝天皇の分身」として、軍旗に関する礼式、取り扱い等も規定された。紛失したり、奪取されることなどもってのほかで、敗北・玉砕の際は連隊長が腹を切り、軍旗を奉焼の儀式にて灰にした（寺田近雄『完本　日本軍隊用語集』学習研究社）。第二次大戦末期には爆薬によって旗手が軍旗もろとも自爆する処置がとられたという（秦郁彦『日本陸海軍総合事典』東京大学出版会）。

　一方、海軍での旭日旗＝軍艦旗はどうだったか。前述の“狂気”としか言いようがない陸軍での扱いとは違って、海軍の艦船たることを示す旗章として日本国主権の存在を示したと解説されることが多いが、1902（明治35）年に海軍少佐・奥田貞吉の名前で著された「帝國國旗及軍艦旗」によると、その意匠には〈我帝國ノ武勇ヲ世界ニ輝カセ〉〈帝國ノ國權ヲ地球ノ上ニ發揚セヨ〉という意味があるとされる。つまり、たんに船舶の所属を表す目的ではなく、国威発揚や帝国主義の正当化を図る示威行為の意図があったと考えられる。

　陸軍の軍旗および海軍の軍艦旗は、敗戦で一度は消滅する。だが、海上自衛隊はその後、戦中とまったく同じ旭日旗を自衛艦旗として蘇生した。しかし、それは「自衛隊が旭日旗を使うことは問題ない」からではなく、むしろ逆で、当局もその問題性を認識していたことは意外と知られていない。

　現に、防衛省・自衛隊ホームページでは〈自衛艦旗は戦前の日本海軍の軍艦旗そのままのデザインですが、その制定にあたって海上自衛隊の艦旗はすんなりと旧軍艦旗と決まったわけではありませんでした〉と解説されている。1954（昭和29）年の自衛隊設置を前に、その前年から旗章が全面的に見直されることになったのだが、〈多くの部隊が希望している旧軍艦旗を採用することについても、情勢はこれを許す状況にはないのではないかとの議論〉があったというから、やはり、旭日旗が軍国主義を示すものであるとの認識は当時の関係者にもあったわけである。